公平交易委員會接獲事業或消費者檢舉違反公平交易法行為，或公平交易委員會依職權調查所獲知之違反公平交易法行為，將由公平交易委員會行政人員做事實調查與審查，調查中得通知當事人及關係人到場陳述意見，再經公平交易委員會議討論，決議後採取適當的行政處分，涉及違反公平交易法中刑罰規定部分，將移送法院審理。

對公平交易委員會所做的行政處分不服時，得依訴願法規定於收到處分書之次日起30天內，向行政院提起訴願；如對行政院所做的訴願決定不服時，得於訴願決定書送達後二個月內，向臺北高等行政法院提起行政訴訟；如對臺北高等行政法院之判決不服，尚得於該判決送達後20天內，向最高行政法院提起上訴。但如公平交易委員會所做的行政處分，係經聽證程序作成者，被處分人應於處分書達到之次日起二個月內，向臺北高等行政法院提起行政訴訟。