依公平交易法第九條第二項規定「本法規定事項，涉及他部會之職掌者，由行政院公平交易委員會商同各該部會辦理之。」公平交易委員會為維護交易秩序與消費者利益，確保公平競爭，促進經濟之安定與繁榮，業已會同各相關主管機關劃分權責範圍如次︰
(一)與衛生署之協調結論
1. 公平交易法與衛生署主管之食品衛生管理法、藥物藥商管理法（已改為藥事法）及化粧品衛生管理條例有關標示、廣告之規定，該三法規範範圍適用特別法優於普通法及重法優於輕法原則，由該署掌管。
2. 公平交易委員會與該署權責既已劃分，爾後非屬一方職掌而屬他方權責者，將移送他方處理。
(二)與經濟部之協調結論：有關商品標示法部分
1. 一般商品之標示是否虛偽不實或引人錯誤，原則上由經濟部主管，但公平交易委員會就目的在從事不公平競爭之不實標示案件，亦可知會經濟部後，依該法第四十一條規定辦理。
2. 服務業之標示是否虛偽不實或引人錯誤，由公平交易委員會主管。
3. 一般商品或服務業之廣告，由公平交易委員會受理後，即依公平交易法第二十一條規定判斷處理。
4. 由公平交易委員會移請經濟部酌辦之公文或由經濟部移請公平交易委員會酌辦之公文，於移文時均將註明「依協調結論辦理」，且被移送之一方於處理後，應將處理情形副知對方。
(三)與財政部之協調結論：不實標示與廣告業務之劃分
1 .證券或期貨業倘有虛偽不實或引人錯誤之廣告，由證期會依證券交易法處理，但如有證券交易法規範所不及者，則由公平交易委員會依公平交易法處理。
2. 有關未依法取得會計師資格而刊登廣告使人誤認有會計師資格之案件，由財政部證期會處理。
(四)與新聞局之協調結論：不實廣告業務之劃分
1.未經新聞局審查許可者：
(1)廣播、電視廣告內容經指定須事先審查，而未經審查擅自播放時，倘有違反公平交易法第二十一條規定之情事，除由新聞局依廣播電視法處罰廣播、電視事業外，由公平交易委員會依公平交易法處罰廣告主。
(2)廣播、電視廣告未經指定事先審查，而由電台自行負責審查後再行播放時，除由新聞局依廣播電視法處罰廣播電視事業外，倘有違反公平交易法第二十一條規定者，由公平交易委員會依公平交易法處罰廣告主。
2.經新聞局審查許可者：
(1)經新聞局審查許可之廣播、電視廣告內容與聲音、畫面，符合原送審之廣告時，因其審查廣告之內容與公平交易法第二十一條之廣告內容並無相異，公平交易委員會尊重新聞局審查許可之結果。
(2)經新聞局審查許可之廣播、電視廣告內容與聲音、畫面，擅自變更而不符原送審之廣告，倘又違反公平交易法第二十一條規定時，由新聞局依廣播電視法處罰廣播、電視事業；並由公平交易委員會依公平交易法處罰廣告主。
(五)與農委會之協調結論：不實廣告業務之劃分
1.銷售種苗之標示不實，由經濟部依商品標示法處理。
2.農藥之標示與廣告，如屬農藥管理法規範範圍者，應由農委會處理，其餘部份屬商品標示法規範者，由經濟部處理，農藥管理法商品標示法未涵括者，方由公平交易委員會處理。
3.肥料之廣告與標示：
(1)肥料管理規則雖屬職權命令，惟參照行政法院五十二年判字第三一二號判例意旨，農業主管機關仍得依肥料管理規則對超越肥料登記證之內容，作虛偽、影射誇張或其他不正當廣告之肥料業者予以處份。
(2)至於肥料之不實標示部份，農業主管機關除依肥料管理規則處理外，亦得將此不實標示案件移由經濟部依商品標示法處理，惟倘所移案件較具特殊性時，則可同時副知公平交易委員會，由公平交易委員會斟酌處理。
4.乳品之標示與廣告：
(1)有關乳品之不實標示部份，由衛生署依乳業管理規則及食品衛生管理法處處理。
(2)至於乳品廣告部份，依衛生署與公平交易委員會協商結論辦理，亦即由衛生署處理之。
5.飼料之廣告及標示：
(1)飼料製造業或販賣業者對其生產或販賣之飼料或飼料添加物，從事虛偽之宣傳廣告時，應由農委會依飼料管理法處理，飼料管理法所規範不及者，由公平交易委員會依公平交易法處理。
(2)至於飼料標示部份，如屬飼料管理法規範圍者，由經濟部處理，飼料管理法商品標示法未涵括者，方由公平交易委員會處理之。
6.牧埸業務及產品種類之廣告及標示：
(1)廣告部份：參照行政法院五十二年判字第三一二號判例意旨，農業主管機關仍得依牧埸登記規則對就牧埸業務及產品種類為不實宣傳牧場予以處分；此外，公平交易委員會亦可依公平交易法處理之。
(2)標示部份：由經濟部依商品標示法處理。
7.動物用藥品之廣告與標示：
(1)關於動物用藥品廣告部份，由農委會依動物用藥品管理法處理，動物用藥品管理法所規範不及者，由公平交易委員會依公平交易法處理。
(2)至於動物用藥品之標，原則上用農委會依動物用藥品管理法處理，其餘部份屬商品標示法規範者，由經濟部處理，動物用藥品管理法及商品標示法未涵括者，方由公平交易委員會處理。
8.獸醫師對其業務登載散布虛偽之廣告者，由農委會依獸醫師法處理，獸醫師法所規範不及者，由公平交易委員會依公平交易委員會依公平交易法處理。
9.農產品之標示與廣告：
(1)農產品不實標示部份，如屬將農產品以灌注液體、摻入異物或農產品本身與包裝標示不符等方式變更質量，致有不實標示情事者，由農委會依農產品巿交易法處理，其餘部份屬商品標示法規範者，由經濟部處理，農產品巿埸交易法及商品標示法未涵括者，方由公平交易委員會處理。
(2)農產品不實廣告部份，由公平交易委員會依公平交易法處理。
